Die Wasserstadt Limmer erhielt bereits im Rahmen der Konzeptionierung von der Deutschen Gesellschaft für Nachhaltiges Bauen (DGNB) ein Vorzertifikat. Das Ziel einer Projektentwicklung sollte immer darin liegen, Objekte und Strukturen zu schaffen, die den langfristigen Anforderungen – sei es ökologisch, architektonisch, ökonomisch oder städtebaulich – gerecht werden.
So sieht die Planung innerhalb des Quartieres beispielsweise eine Bebauung mit geringer Dichte und hohem Grünanteil vor. Fünf Grünzonen werden identitätsschaffende Freiräume für die Öffentlichkeit bieten, die ebenfalls eine Verbindung zu den Uferzonen schaffen. Unterstützt wird die Biodiversität durch den Erhalt des Grünstreifens zwischen Kanalufer und Bebauung sowie der Implementierung von Dachbegrünungen. Zur nachhaltigen Planung des neuen Quartiers gehört auch die Integration neuer und effizienter Mobilitätskonzepte. So sind in der Wasserstadt Limmer unter anderem Car-Sharing-Stellplätze und E-Tankstellen im öffentlichen Raum vorgesehen. Des Weiteren wird es einen Lastenfahrräderverleih geben.